Pada 27 Maret 1749 Raja Willem IV menetapkan Undang – Undang bahwa VOC dialihkan dibawah kekuasaannya dan mengubah kekuasaan anggota pengurus “Dewan Tujuh Belas” yang semula dipilih parlemen dan provinsi pemegang saham dialihkan menjadi tanggung jawab Raja WIllem IV. Raja Willem juga mengabil ailh posisi panglima tertinggi tentara VOC. Pengawasan yang kurang memadai dari pemerintah Belanda kepada VOC menjadikan peluang adanya korupsi di tubuh VOC. Dengan adanya korupsi tersbut membuat keuntungan dagang VOC semakin melorot dan bahkan pada 1673 VOC tidak mampu membayar dividen. Adanya perang juga menambah beban VOC.
Kemunduran VOC juga bisa dlihat dari sistem upeti yang dilakukan di VOC. Pejabat yang lebih rendah harus membei upeti kepada pejabat diatasnya yang lebih tinggi dan kegiatan ini bermuatan korupsi. Sebagai contoh Gubernur Van Hoorn menyimpan 10 juta gulden untuk dibawa kembali ke Belanda pada 1709 sedangkan gajinya sendiri adalah 700 gulden sebulan. Selain itu untuk bisa menjadi pegawai VOC diterapkan aturan sogok menyogok, VOC memasang tarif f 3.500,- untuk menjadi pegawai onderkoopman dan untuk menjadi kaptein harus menyogok f 2000,-. Penyakit korupsi mewabah di setiap sektor pengelolaan dari tubuh organisasi VOC, beban hutang semakin bertambah dan pada akhirnya VOC bangkrut. Bahkan ada yang memberi ungkapan berbeda tentang kepanjangan singkatan dari VOC yaitu Vergaan Onder Corruptie atau tenggelam karena korupsi.
Kebangkrutan ini membuat VOC dibubarkan dan kemudian segala hutang dan roda pemerintahan di wilayah jajahan dialihkan ke negara Belanda. Pada Desember 1799 VOC secara resmi dibubarkan, pada saat itu Gubernur Jendral VOC terakhir yakni Van Overstraten ditugaskan untuk menjaga keamanan Hindia Belanda selama masa peralihan dan mempertahankan wilayah pulau Jawa dari serangan Inggris.
Faktor penyebab keruntuhan VOC diantaranya :
- Adanya korupsi di tubuh VOC yang dilaukan oleh pegawai – pegawai VOC
- Penyelewengan penggunaan dana VOC
- Penggunaan dana kas VOC terhadap perlawanan – perlawanan atau biaya perang di daerah
- Pembengkakan anggaran karena adanya perluasan wilayah
- Persaingan kongsi dagang dengan portugis dan inggris
- Banyaknya hutang VOC
